《遺傳學報（英文版）》：古DNA研究揭示東亞家豬母系遺傳歷史
0
東亞家豬可能的起源區域及黃河流域野豬被馴化后的群體擴散方向示意圖
（神秘的地球uux.cn報道）據中國科學院古脊椎動物與古人類研究所：2021年12月11日，《遺傳學報（英文版）》（Journal of Genetics and 學報系遺Genomics，中科院生物學大類一區）以研究論文形式在線發表了中國科學院古脊椎動物與古人類研究所、版古杭州外圍電話（電話微信199-7144-9724）杭州外圍外圍上門外圍女真實可靠快速安排中國社會科學院考古所和陜西省考古研究院共同主導完成的究揭古代東亞家豬線粒體全基因組研究成果。研究獲取了42例來自于黃河流域的示東史中國古代豬線粒體基因組數據，發現有部分類型從新石器時代早期直到現在連續存在于中國家豬群體中；全新世以來，豬母家豬群體具有2次快速的傳歷種群擴增現象。這些研究結果對理解東亞地區的遺傳英文A研亞家豬母系遺傳歷史具有重要意義。
動物的學報系遺成功馴化對人類社會發展具有里程碑式的意義，豬是版古最早被人類馴化的動物之一，在農業社會中發揮了重要作用，究揭它也是示東史研究動物馴化的重要“模式動物”。至少在1萬到8千年前，豬母杭州外圍電話（電話微信199-7144-9724）杭州外圍外圍上門外圍女真實可靠快速安排家豬已在安納托利亞地區和中國中原地區獨立馴化。傳歷古DNA的遺傳英文A研亞研究已證實安納托利亞的家豬在約8500年前隨著新石器時代早期的農業人口進入歐洲，但進入歐洲的家豬不斷與歐洲本地野豬混合，導致歐洲現生的家豬僅保留0-4%的近東祖源成份，顯示出幾乎完全替代的情況。而我們的研究發現，東亞的情況與歐洲完全不同。
本次研究一共獲取了42例中國黃河流域古代豬（來自于陜西：魚化寨、楊官寨等，安徽：尉遲寺，河北：小里，青海：喇家遺址）高質量的線粒體基因組數據，時間跨度為約7500-2500年前。研究發現遺址中出土的部分中國古代豬（25%，可追溯到新石器時代早期）與一些東亞現代的家豬線粒體基因組類型一樣。表明它們存在母系遺傳的連續性，而且至少可以追溯到新石器時代早期，這一結果支持黃河流域作為一個主要的家豬獨立馴化中心。還發現古代家豬和現生家豬的線粒體相似度很高，大多數東亞現代家豬分享較近的線粒體基因組類型，并且群體具有很小的遺傳距離值，反映出東亞家豬可能來源于一個母系遺傳多樣性本來就低的祖源群體，也可能與家豬選育的過程有關系。
系統進化分枝樹的分析支持湄公河流域（包括中國西南地區、越南等地）是東亞大部分家豬群體的祖先群體（野豬群體）的來源地，這一區域可能作為末次冰盛期時的生態庇護所，幫助保留了大量的母系遺傳類型，所以在所有家豬和野豬群體中擁有最高的遺傳多樣性。通過古代和現代的線粒體基因組數據進行突變率的推算，發現東亞家豬群體的共同祖先可以追溯到2萬年以內。全新世以來，家豬群體有2次較大規模的母系有效群體擴增事件，分別開始于大約7000年和4000年前，擴增現象與東亞的氣候環境、外來農畜引入及農業社會形成與發展相聯系。這也反映了家豬的母系遺傳歷史與人類社會發展的緊密聯系。
本文通訊作者為中國科學院古脊椎動物與古人類研究所的付巧妹研究員和Andrew Bennett副研究員及陜西省考古研究院胡松梅研究員，第一作者為中國科學院古脊椎動物與古人類研究所的張明博士、劉逸宸博士、博士研究生Jacob D. Gardner，及中國社會科學院考古研究所的李志鵬副研究員和呂鵬副研究員。本研究得到中國科學院穩定支持基礎研究領域青年團隊計劃、中國科學院戰略性先導科技專項（B類）、國家自然科學基金等項目的支持。
論文鏈接：https://doi.org/10.1016/j.jgg.2021.11.014
相關報道：古DNA研究：東亞家豬萬年以來有2次快速母系種群擴增
（神秘的地球uux.cn報道）據中新網北京12月13日電（記者 孫自法）：記者13日從中國科學院古脊椎動物與古人類研究所獲悉，由該所和陜西省考古研究院、中國社會科學院考古研究所共同主導完成的古代東亞家豬線粒體全基因組研究發現，東亞家豬群體的共同祖先可追溯到距今2萬年以內，大部分源自湄公河流域，全新世(從約1.2萬年前開始)以來，東亞家豬群體有2次快速的母系種群擴增現象，分別開始于大約7000年和4000年前。
這項最新完成的東亞家豬群體古DNA研究成果論文，近日在專業學術期刊《遺傳學報(英文版)》(Journal of Genetics and Genomics，JGG)在線發表，其結果對揭示和理解東亞地區的家豬母系遺傳歷史具有重要意義。
科研團隊介紹說，本次研究共獲取42例中國黃河流域古代豬高質量的線粒體基因組數據，地點上包括來自于陜西魚化寨和楊官寨等、安徽尉遲寺、河北小里、青海喇家等遺址，時間跨度為約7500-2500年前。通過研究發現，這些遺址中出土的部分中國古代豬(25%，可追溯到新石器時代早期)與一些東亞現代的家豬類型一樣，表明它們存在母系遺傳的連續性，而且至少可以追溯到新石器時代早期，這一結果支持黃河流域作為一個主要的家豬獨立馴化中心。
他們還發現，古代家豬和現生家豬的線粒體相似度很高，大多數東亞現代家豬分享較近的線粒體基因組類型，并且群體具有很小的遺傳距離值，反映出東亞家豬可能來源于一個母系遺傳多樣性本來就低的祖源群體，也可能與家豬選育的過程有關系。
科研團隊進一步通過系統進化分析，結果支持包括中國西南地區、越南等地的湄公河流域是東亞大部分家豬群體的祖先群體(野豬群體)的來源地，這一區域可能作為末次冰盛期(距今約2.65萬年至1.9萬年)時的生態庇護所，幫助保留了大量的母系遺傳類型，所以在所有家豬和野豬群體中擁有最高的遺傳多樣性。
通過古代和現代的線粒體基因組數據進行突變率的推算，科研團隊認為，東亞家豬群體的共同祖先可以追溯到2萬年以內，而全新世以來，家豬群體有2次較大規模的母系有效群體擴增事件，分別開始于大約7000年和4000年前，擴增現象與東亞的氣候環境、外來農畜引入及農業社會形成與發展相聯系，這也反映家豬的母系遺傳歷史與人類社會發展的緊密聯系。
據了解，動物的成功馴化對人類社會發展具有里程碑式的意義，豬是最早被人類馴化的動物之一，在農業社會中發揮重要作用，它也是研究動物馴化的重要“模式動物”。目前的學界共識為，至少在1萬到8千年前，家豬已在亞歐交界的安那托尼亞地區和中國中原地區獨立馴化。
此前，古DNA研究已證實安那托尼亞的家豬在約8500年前隨著新石時代早期的農業人口進入歐洲，但進入歐洲的家豬不斷與歐洲本地野豬混合，導致歐洲現生的家豬僅保留不超過4%的近東祖源成份，顯示出幾乎完全替代的情況，而中國科研團隊這次的最新研究發現則表明，東亞家豬馴化演化的情況與歐洲完全不同。